①自由水与结合水的比值越高，细胞的新陈代谢越旺盛，但是体内的自由水含量比结合水多不能说明细胞代谢旺盛，①错误；。
②线粒体是有氧呼吸的主要场所，是生命活动的动力车间，线粒体的数量多能够说明细胞（或者生物）代谢旺盛，②正确；。
③细胞核的核孔是细胞核与细胞质物质交换的重要通道，细胞核的核孔数量多能够说明细胞（或者生物）代谢旺盛，③正确；。
④细胞膜的功能复杂程度与细胞膜上蛋白质的种类和数目有关，细胞膜上的蛋白质含量多能够说明细胞（或者生物）代谢旺盛，④正确．故选：C．。
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